Mehr als die Hälfte des Jahres verbrachten Friedrich und sein Bruder Johann im Laufe der folgenden Jahre auf dem Torgauer Schloss. Nach dem Tod des Kurfürsten Ernst übernahm Friedrich 23-jährig die Kurwürde und regierte fortan gemeinsam mit seinem jüngeren Bruder. Während Herzog Johann sich vornehmlich um die innenpolitischen Belange kümmerte, war die Regierung Friedrichs durch eine enorme Reisetätigkeit geprägt. Er nahm an zahlreichen Reichstagen teil. 1519 lehnte er die Kaiserwürde ab und handelte den Kompromiss um die Wahl von Kaiser Karl V. aus.

Sein Beiname der „Weise“ verweist sowohl auf sein Verhandlungsgeschick als auch auf seine umfassende Bildung und seine gewichtige Rolle für die Verbreitung der reformatorischen Lehre. Obwohl Friedrich III. stets im alten Glauben verhaftet blieb und Martin Luther wohl nie persönlich traf, verhinderte er den Vollzug der Reichsacht und dessen Gefangennahme. Als Landesvater bot er dem Geächteten Schutz auf der Wartburg und ließ ihn und sein reformatorisches Gedankengut gewähren.